对于合法企业的关停，应当如何进行补偿呢？应当依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第17条的规定，一是房屋价值的补偿；二是搬迁过渡安置费；三是停产停业损失的补偿。当然这里还包括一个重要的土地补偿。

　　那么，土地的补偿为什么不包含在这条行政法规的规定里呢？因为这条行政法规的名字就叫《国有土地上房屋征收与补偿条例》是对房屋的补偿。土地的补偿包含在什么里面呢？《民法典》规定对土地也应当进行补偿。

　　当然，这些都是国有土地上的企业的补偿。针对集体土地上的企业，如果办理了合法的环保手续，因环保事业进行关停等，我们认为，应当参照这个规定，适用《土地管理法》的相关规定进行依法征收、关停和补偿。

　　如果是合法经营的企业，在符合相关标准的前提下，是可以申请一定的行政补偿的。如果我们企业在面对着这种情况，发现自己有合法的营业执照，并且与合法采矿许可，在这种情况下，相关部门就不能够一概的进行关停。这种情况下就需要依据《行政许可法》撤回已经生效的行政许可，在撤回已经生效的行政许可的情况下，就应当根据该法对于企业的财产损失，停产停业损失给予相应的补偿。

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　　在《畜禽规模养殖污染防治条例》中也说得很清楚，第25条因畜牧业发展规划、土地利用总体规划、城乡规划调整以及划定禁止养殖区域，或者因对污染严重的畜禽养殖密集区域进行综合整治，确需关闭或者搬迁现有畜禽养殖场所，致使畜禽养殖者遭受经济损失的，由县级以上地方人民政府依法予以补偿。

　　工业园区一般都是国有土地上的房屋企业的征收，拆迁补偿等系列的问题，涉及的法律主要是《国有土地上房屋征收与补偿条例》相关内容。对于征收的一些程序，前期要有所了解，主管部门先做出征收决定，然后企业对征收决定如果不服的，可以向法院起诉。

　　遇到这类问题主要还是运用法律的途径处理，如果行政机关要想关停企业，首先要有合适的理由。如果说环保的关停是以环保问题给予关停的，那么应当有《环境保护法》相关的一些规定作为法律依据。

　　根据《行政许可法》第八条的规定，如果因为公共利益的需要，而作废或变更已经发生法律效力的行政许可、采矿许可证等行政许可的，应当对被许可人进行补偿。

　　有环评文件，因政策变化导致该类企业在本地上不能生产，这类不能因《环境保护法》的规定而进行关停，如果一定要关停的应当给予补偿。 环保关停中的养殖企业，化工企业，生产制造企业都不属于环保关停的范畴，应当叫做征收，因为公共利益的需要，有关部门不得不作出一些行政行为。如征收企业，责令停产停业等，这些都应当给予补偿。

　　《关于完善产权保护制度依法保护产权的意见》，以及高院《关于充分发挥审判职能作用切实加强产权司法保护的意见》的一些通知，都有关于类似的规定。为了公共利益的需要，改变原来相关部门做出承诺的，应当对行政相对人予以补偿。

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　　每个案子情况都不一样都需要具体分析，所以如果遇到类似的这种情况，应该怎么办呢？建议及时找专业的律师团队进行分析，也可以向我们咨询，行政诉讼纠纷当然要找北京楹庭律师。律师团队会根据案件的具体情况，搜集事实依据和法律依据，出具简单办案方案之后，行政相对人再决定下一步如何解决，通过法律的工具保障自己的合法权益。